比利時的海關監管辦法與歐盟其他國家一致。為了簡化單證便利貿易，并使海關數據電腦化，歐盟頒布了一項統一規定。自1998年1月1日起，出口、轉口和進口的海關申報統一使用“統一管理單證文本”（The Single Administrative Document，簡稱SAD）。SAD代替了以前由不同成員國簽發的用于確認出口、進口和轉口商品的大量文件。文中包含了一切按歐盟有關法規規定統一標準的所有信息。
在比利時任何一個海關辦公室都可通過SADBEL系統進行信息加工。此系統有一個重要特點，即報關信息可以直接從報關人的廠房或倉庫傳輸到海關的計算機上。SAD也適用于歐盟與歐洲自由貿易聯盟國家（EFTA）的清關業務。對于鐵路運輸CIM（鐵路貨運國際協議）單據文本可以替代SAD文本（手續更加簡便）。公路運輸則采用TIR網絡，即國際公路運輸服務協議進行歐盟內外貨物運輸業務。大多數西歐國家和一些中、東歐國家利用這一協議。
為了便利貿易，比利時海關簡化通關手續，根據新的海關規定，從歐盟之外進口的貨物可以直接運到進口工廠的庫內清關。同樣，出口貨物也可以在工廠廠房內進行報關。在此情況下，發票或發貨單即可替代正式的海關單據。凡是附合條件的公司可以得到授權享受上述優惠。這使進出口企業節省了大量時間，使進出口手續簡化到最低限度。
在比利時設立的眾多分銷公司在海關授權下，可使用簡化程序報關。比利時擁有各類海關倉庫，其中私人倉庫最適合分撥、分銷。如果貨物寄存在私人倉庫中，既不需交納海關關稅，也不需交納增值稅和消費稅。但在私人倉庫存放的貨物，須由海關批準，商品代碼和貨值須在存放時予以申報。貨物出庫時可以采用簡化手續辦理清關業務。
此外，對于來料加工，可以申請免稅。免稅方式有兩種：一是暫不支付方式，即在進口時暫不支付關稅和增值稅，保證在一定期限內把加工過的產品再出口。二是退稅方式，在進口時先繳納關稅和增值稅，在加工產品再出口時可申請退關稅，增值稅則通過支付??抵扣會計制度自動免除。海關對加工過程的監管和系統的運行可以通過企業的會計記錄進行。因此，享有授權的廠商每季度需向海關報送履行貨單。
比利時對部分進出口貨物實行許可證制度。需要進口許可證的是一些產地不明和列入專門清單的貨物，需要出口許可證的是一些戰略性物資和專門列入清單的貨物。
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